毎度敗北を負うDr.ワイリーは、打開策としてある秘策を思いつく。それは、開発段階のタイムマシンを盗み出して未来へ行き、未来のロックマンを捕まえ改造してしまうというものであった。そしてワイリーの手下となった未来のロックマンが、現在のロックマンに立ちふさがる。
